はじめまして。
中学2年の娘さんに関するご相談ですね。
公立中学であれば(私立では留年があるところもあるので)中学校の学年は年齢主義を取っていて、就学猶予者、帰国子女など特殊な事情がある場合を除き、年齢によって所属する学年が決まります。
本来は、成績不良や長期欠席、病気療養などの場合でも、校長の判断や保護者・本人の意思で原級留置(留年)をすることができます。以前にはこれらの事情での原級留置もある程度見られたようですが、現在ではあまり例がなく、一般的な公立中学校では学校判断による原級留置はほとんど見られません。
原級留置の必要があるのであれば、あなたや親御さんに原級留置する意思があるのか確認するはずです。学校側から何の話も無いのであれば、普通に卒業です。
まずは何故、不登校になったのかを本人と話し合い、必要であれば先生も交えて問題を解決に導くよう相互で推進していくことが望ましいでしょう。