朝起きない件は、ちょっと厳しい言い方をすれば放っておけばいいのでは…と思います。
一回は起こしているのですから、その後起きれず学校に遅刻し、遅刻続きで推薦も得られず、は自業自得です。
中3にもなって親に起こされなければ起きることができないことを恥ずかしいと感じる心が大切です。
将来、ミュージシャンになるにしろ、先輩の土木関係の会社で働くにしろ、朝起きて時間までに出社したり、約束の場所に行くという人としての基本的なルールを守るということが出来ない限り、誰からも相手にされなくなるでしょう。
口止めの件はご主人に言うことで誰かに迷惑をかける可能性があるのであれば、今のままご主人にはシークレットにするべきでしょう。
「知っていたくせになんでもっと早く言ってくれなかったんだ」と言われたら、正直に言わなかった理由を伝えましょう。
「以前、口止めをお願いしてもすぐにポロっと口を滑らす事が過去にも度々あったから」と。