学校や先生に対する不信感がおありなのですね。
それはやはり、本人に直接不信感とその理由を伝えて改善してもらうことは改善してもらった方がいいでしょう。
担任だけではなく、第三者もいた方がいいでしょう。
その点では、家庭訪問に来ていただいている先生に同席してもらいましょう。
またそれでも不安であれば学年主任か然るべき役職の方にも。
そのことを担任に伝えたらどうでしょう。
不登校のことを先生に謝ったとのことですが、それは謝る先が違います。
…というか、不登校は学校側にも原因はあるのですから、親が一方的に悪いという図式が出来上がるような行動・言動はしない方がいいですよ。